Taxonomía | perspectivas actuales de la ciencia de la taxonomía

Perspectivas actuales de la ciencia de la Taxonomía

En las décadas de 1990 y 2000 se ha vuelto a poner de moda la ciencia taxonómica en el ambiente científico,[151]

El impedimento taxonómico

En el período en los '1990 en que fue "tecnológicamente correcto"[23]​)

Quizás sorprenda que la descripción de las especies hoy se calcula realizada solo en un 1% o hasta un 15%, porque las plantas y los animales grandes de regiones bien pobladas como las regiones templadas están relativamente bien descriptos, pero fuera de ellas, como en los estratos arbóreos más altos de las selvas tropicales o en el mundo microbiano con sus tiempos generacionales tan pequeños que lo vuelven vasto y lo hacen evolucionar a una velocidad mucho mayor que las plantas y animales de los que acostumbramos a vernos rodeados, las descripciones tienen actualmente una resolución muy baja. Como muchos autores nos recuerdan, las descripciones de especies "nunca están completas",[230]

Los taxónomos descriptivos tienen pocos gastos además del salario, los que necesitan para publicar, para realizar algún viaje y quizás algún equipamiento adicional, de lo que lo más oneroso es el "molecular lab" del que basta con uno cada 10 laboratorios.[237]

  • (1) Las colecciones[230]​ y
  • (2) El entrenamiento y salario de nuevos taxónomos quienes, con los datos crudos tomados de sus colectas y otras previamente depositadas en colecciones, publicar trabajos de literatura taxonómica primaria (solo prepararlos, la finalidad del impresionante programa PEET,[237]​)

Como la mayor parte del trabajo científico, el trabajo del alfa-taxónomo es conducido en proyectos relativamente pequeños, con un investigador principal con un laboratorio asignado en la universidad y dedicación part-time al proyecto, y quizás dos o tres estudiantes de doctorado que ya se han ganado esa primera beca utilizando el laboratorio de otro o investigadores part-time del staff.[230]

Los investigadores que ya tienen su propio laboratorio son los que eligen de entre los estudiantes de sus materias a los que pedirán un subsidio y un puesto de trabajo y que potencialmente competirán con el mismo investigador que les está dando una oportunidad, esto ha sido mencionado como impedimento,[23]

"Dado que muchas especies [biológicas] tienen rangos amplios y complejos y que los especímenes de la mayoría de ellas están desperdigados en las colecciones de los museos de muchos países diferentes, un testeo verdaderamente riguroso de los límites de cada una no es automático ni fácil."
——QD Wheeler (2004[24]​ )

Algunas conductas hacia la nomenclatura formal pueden reducir la calidad de la información taxonómica y repercutir en el prestigio de la rama en general.[24]

La autoría de la publicación de los datos primarios asociados a las publicaciones primarias, como fotografías digitales de los caracteres, secuencias de ADN, datos de ocurrencia o de colección y de estados de los caracteres de cada espécimen de referencia (R Page,[300]

Variadas propuestas se han hecho del tipo de modernizar la infraestructura para mejorar la eficiencia del trabajo y facilitar la evaluación del mismo, algunas de las cuales se verán en las secciones siguientes. La que sobrevuela todas ellas es la de digitalizar y proveer acceso online a los recursos taxonómicos.[229]

El copyright ("derecho de copia") es de concernimiento en la preservación de la literatura taxonómica. La literatura taxonómica primaria en una distribución sin formato no se vería afectada por las leyes que restringen la realización de copias y su distribución (p.ej. el Convenio de Berna), pero son pocos los investigadores que publican comentarios al respecto (p.ej. Costello 2009) y parece que las editoriales no se hacen eco del tema.

Únicamente las publicaciones de De Carvalho y colaboradores brasileños denuncian que los "piratas de la biodiversidad" pueden boicotear el trabajo del taxónomo.

El rol del ADN y los "marcadores de ADN"

Los análisis moleculares de ADN se utilizan hoy habitualmente en los análisis filogenéticos y desde los '90 que unos pocos cientos de bases, con su cantidad enorme de combinaciones potenciales, parecen bastar para hacer análisis de identificación y parentesco.[264]

Los principales[322]​.
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CBOL (Consortium for the Barcode of Life)
  • Archivado el 26 de junio de 2012 en la Wayback Machine.. || rowspan="2" |2004 en adlnte. || Presidente: Dr. Scott E. Miller, opera desde el museo Smithsonian Institution’s National Museum of Natural History en Washington.
Realiza barcodes para 200 organizaciones en 50 países.
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BOLD (Barcoding of Life Data System). 2005 en adlnte. Opera desde el Biodiversity Institute de Ontario, Canadá, cuyo director es el Dr. Paul Hebert.
Opera como banco de trabajo online: repositorio de barcodes, análisis, interfaz para submisión a GenBank, herramienta de identificación de especies, conectividad con recursos externos.
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iBOL (International Barcode of Life). 2010 en adlnte. El hub científico es el Biodiversity Institute de Ontario y el director científico es el Dr. Paul Hebert.
Compromisos y grupos de trabajo sin fines de lucro en 25 países "tanto desarrollados como en desarrollo".
Los atributos estandarizados por el "barcodeo de ADN" apoyado por el CBOL.[323]
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Eucariotas, principalmente animales Una región de 658 pares de bases del gen mitocondrial cytochrome c oxidase I (COI). Hebert et al. (2003[318]​)
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Plantas Dos fragmentos plastídicos de 500- a 800- pares de bases de la subunidad grande del gen ribulose 1,5-biphosphate carboxylase (rbcL) y del gen maturase K (matK) Hollingsworth et al. (2009[324]​)
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Los atributos a estandarizar por el "metabarcodeo de ADN".[323]
ADN ambiental (no separado por organismo) Secuencias a estandarizar luego de utilizar la tecnología NGS (next-generation sequencing) para referenciar los genomas organelares completos y el rDNA nuclear repetitivo de todas las especies. Taberlet et al. (2012[323]​) y referencias en ese texto

Al 2003 ya era rutina que los microorganismos se delimitaran con métodos moleculares,[35]

En respuesta a la intensa propaganda[122]​ número de estudios taxonómicos se hizo eco del término.

La presupuestación de los proyectos promovidos por Hebert et al. (2003[24]​ "Estamos en el umbral del salto más excitante de la 'Taxonomía basada en morfología' [identificación de especies mediante claves morfológicas] desde Linneo (1758), lo que vuelve estos tiempos un momento inoportuno para darse por vencido". ... "Los datos visuales morfológicos nunca habían podido ser eficientemente comunicados en el pasado. Ahora tenemos la tecnología para una edad dorada de la morfología comparativa si podemos sobrellevar las presiones para conformarnos a lo 'tecnológicamente correcto'".

La crisis de biodiversidad

La crisis de biodiversidad causada por actividades humanas, como las que llevan a la pérdida del hábitat y la introducción de especies exóticas, es tal vez comparable en magnitud a las grandes extinciones registradas en los períodos geológicos (PH Raven 2002[117]

La preferencia de conservación de la categoría especie trajo un problema extra a la clasificación.[117]​).

Ha habido otras propuestas de medidas de biodiversidad, con sus consecuencias en las propuestas de conservación, se ha propuesto como medida de biodiversidad la categoría de género (incluso en primates, como en Harcourt et al. 2002[117]

Informática de la Biodiversidad

Las zonas estandarizadas en Norteamérica como "regiones TDWG" (2ªed) del Biodiversity Information Standards (anteriormente TDWG, "Taxonomic Data Working Group"). "Si bien muchas veces no lo suficientemente reconocidos, los estándares TDWG son utilizados en muchos softwares populares de biodiversidad informática, cuyo rango abarca desde pequeñas soluciones de escritorio hasta redes internacionales de datos de gran escala."[239]

El campo de acción de la informática de la biodiversidad (biodiversity informatics) son las ciencias biológicas que utilizan como unidad de trabajo los organismos, lo que la diferencia de la ecoinformática (ecoinformatics, la informática al nivel de organización de los ecosistemas) y la bioinformática (bioinformatics, al nivel de organización molecular y fisiológica).[239]

El material tomado como digital o a digitalizar en taxonomía consta de los "datos crudos" y sus metadatos, y de la "literatura taxonómica primaria" y sus respectivos metadatos. La digitalización requiere un id "único" para cada uno de ellos, idealmente "global", es decir único en internet. Por ejemplo la forma más directa de crear un id global es concatenar el id del dato con el de su tabla en la base de datos con el identificador de esa base de datos en internet.[35]

Los datos primarios y su literatura asociada pueden agregarse en proyectos "verticales" de un taxón algo superior o con líneas de evidencia que requieren diferentes especialistas, la digitalización de los metadatos primarios que tengan "actos nomenclaturales" (establecimientos de nombres, etc.) por taxón "vertical" en miras de crear las tan esperadas Listas de Nombres Adoptados (no suprimidos) necesarias para los Códigos en uso es considerada una prioridad para el BioCode.[35]

Entre las iniciativas más populares desde el 2003 quizás estén:[138]

Pero hubo más de 50 proyectos en todo el mundo.[356]

Pero si bien ya en el 2010 Padial et al.[240]

Zootaxa fue la primera "megarrevista"[360]

Algunas revistas tradicionales hoy exigen que los datos crudos (raw data) sobre los que fueron tomados los datos de publicaciones taxonómicas sean alojados en bases de datos públicas.[248]​ También son usuales los artículos "suplementarios" publicados en formato exclusivamente electrónico.

Por otro lado, al 2014, las bases de datos externas ofrecen la posibilidad de publicar monografías taxonómicas fuera del circuito de las revistas científicas, con las facilidades que podría dar una base de datos interactiva.[263]

La armonización de los Códigos y el BioCode

Artículo principal: BioCode

La IUBS es un organismo que tiene su participación en los Códigos en uso y en 1985 formó un Comité de Nomenclatura Biológica, el cual desde ese momento ha organizado numerosos congresos y reuniones, a los que se han sumado el auspicio de la IUMS (International Union of Microbiological Societies) y del IAPT, y el apoyo de organismos como CAB International, el Linnean Society of London, la Royal Society of London, entre otras. En 1994 se formó el IUBS/IUMS International Committee on Bionomenclature (ICB). Fue el ICB quien propuso un primer borrador de un Código unificado de nomenclatura después de sus esperables congresos y revisiones que fue presentado como el "Borrador del BioCódigo 1997" (Draft BioCode 1997) (DL Hawksworth, presidente de la IUBS).[151]

El Biocode propuso que fuera utilizado en reemplazo de los Códigos en uso, pero su uso no fue implementado por los autores de publicaciones taxonómicas. La crítica principal consistía en que había baja disposición de botánicos y zoólogos en aprenderse todo un conjunto de reglas nuevas,[368]​ al presentar una propuesta semejante.

La crítica fue escuchada y la nueva versión del BioCode, el Draft BioCode 2011, ha sido sustancialmente reescrita de forma no de reemplazar los Códigos actuales, sino para proveer un marco común que los englobe. Está repensado para ser utilizado junto con los Códigos en uso —a los que llama los Códigos Especiales—, como su complemento, y está listo para su implementación inmediata. Es un "terso texto de sólo 35 artículos", que refiere a los demás Códigos cuando lo considera apropiado, pero para la mayoría de los propósitos puede funcionar por sí mismo. Propone un número de mejoras futuras, que dependen de que se hagan reformas en los Códigos Especiales para poder efectuarse "y que esperablemente disparen esas reformas". Una de ellas es el requerimiento de registrar nombres nuevos y actos nomenclaturales (por ejemplo las designaciones de lectotipos), que en la nueva versión fue modificada para tomar ventaja de los recientes progresos tecnológicos. Otras innovaciones propuestas son el requerimiento de que las descripciones de nuevos taxones sean en inglés o latín (en el 2011 todavía se debían hacer en latín para plantas, y en cualquier lengua en animales), la opción de proteger nombres y sus atributos por medio de Listas de Nombres Adoptados, el prospecto de evitar los homónimos entre-Códigos para los nombres futuros, y el permiso, para los llamados organismos "ambirregnos", de usar sufijos de cualquier Código para los nombres supragenéricos, independientemente del Código que se esté aplicando. Introduce rangos adicionales a los primarios (profamilia entre familia y subfamilia, progénero entre género y subgénero, proespecie entre especie y subespecie) de forma de implementar las reglas de forma retroactiva para todos los tipos de organismos sin efectos desestabilizadores en el sistema actual de nombres. (W Greuter, secretario de la ICB[369]​).

A comienzos de este siglo, la rápida evolución de las bases de datos dejó en evidencia que es más práctica la producción de listas de nombres adoptados por taxón, y la nueva edición fue creada para que sus provisiones puedan ser adoptadas en diferente momento por diferentes taxones dentro de cada Código, lo cual estaría determinado por el cuerpo internacional mandatario apropiado para cada taxón si fuera operacional (DL Hawksworth).[151]

Algunos cambios menores fueron realizados en los Códigos Especiales desde 1997[151]

Las variaciones de terminología entre Códigos, y la terminología unificada propuesta:

BioCode (unificado) BC (de Bacterias) ICBN (de Botánica) ICNCP (de Plantas Cultivadas) ICZN (de Zoología)
Publicación y fecha de los nombres
publicado efectivamente publicado efectivamente publicado publicado publicado
fecha fecha fecha (o prioridad) fecha prioridad
precedencia prioridad prioridad precedencia precedencia
anterior senior anterior anterior senior
posterior junior posterior posterior junior
Estatus nomenclatural
establecido válidamente publicado válidamente publicado establecido disponible
registro validación registro registro ------
aceptable legítimo legítimo ----- potencialmente válido
Estatus taxonómico
aceptado correcto correcto aceptado válido
Tipos o especímenes de referencia
tipo portador de nombre tipo nomenclatural tipo nomenclatural estándar nomenclatural (nombre del espécimen o fotos de referencia; ya que el "tipo" es toda la descripción original, que es invariable)[nota 17] tipo nomenclatural
taxón nominal nombre y tipo nombre y tipo ------ taxón nominal
Sinonimia
homotípica objetiva nomenclatural u homotípica ------ objetiva
heterotípica subjetiva taxonómica o heterotípica ------- subjetiva
nombre de reemplazo (replacement name) ------- sustituto declarado (avowed substitute) o nombre de reemplazo (replacement name) ------- reemplazo explícito (explicit replacement)
Prescindiendo de las reglas
conservación conservación conservación ------- conservación
supresión rechazo supresión explícita ------- supresión

Propuestas de un registro central de nombres

Para cerrar las "listas de nombres adoptados"[138]

La posible reglamentación que había sido parte del borrador del BioCode 1997, fue modificada en el borrador del BioCode 2011 para incorporar las nuevas tecnologías y la posibilidad de dividir los taxones abarcados por los Códigos en grupos de tamaño más pequeño, cada uno con su propio cuerpo mandatario internacional.[374]​ Al 2015 las listas no están cerradas.

El PhyloCode

Algunos autores argumentan problemas usando el sistema linneano de clasificación cuando se lo basa en el árbol filogenético (p. ej. de Queiroz y Gauthier 1990).[28]

Los autores del PhyloCode pretenden reemplazar los Códigos de la nomenclatura linneana con su nuevo Código, lo cual no llegó a discutirse en el debate acerca de una taxonomía unitaria en el ambiente científico.[376]

Sin embargo, el PhyloCode ha sido intensamente debatido en revistas científicas de prestigio como Taxon,[156]

Los nombres de los supergrupos de eucariotas ubicados en el árbol según la filogenia de Cavalier-Smith (2013[378]​).

El PhyloCode fue sólo una de las manifestaciones de los taxónomos que, en general bajo la nomenclatura de los Códigos en uso, señalan que es buena práctica que sea explicitado el "concepto de taxón" utilizado (p.ej.[379]

Subfamily Dryadoideae Juel, Kongl. Svenska Vetensk. Akad. Handl. n.s. 58: 55 (1918): Subfamilia Dryadoideae Juel, Kongl. Svenska Vetensk. Akad. Handl. n.s. 58: 55 (1918):
The most inclusive clade containing Dryas (as typified by Dryas octopetala L.), but not Rosoideae (cf. above) nor Spiraeoideae (cf. below). El clado más inclusivo conteniendo a Dryas (como tipificado por Dryas octopetala L.), pero no Rosoideae (cf. más arriba) ni Spiraeoideae (cf. más abajo).
Included taxa: Cercocarpus H. B. and K., Chamaebatia Benth., Dryas L., Purshia DC. (including Cowania D. Don) Taxones incluidos: Cercocarpus H. B. and K., Chamaebatia Benth., Dryas L., Purshia DC. (incluyendo Cowania D. Don)
Distinctive non-molecular features: Shrublets, shrubs, or small trees. Symbiotic nitrogen fixation present. Cyanogenic glycosides present. Sorbitol present in trace amounts. Leaves compound in Chamaebatia, simple in the other genera. Stipules present. Hypanthium free from ovary. Pistils 1 (Cercocarpus, Chamaebatia, Purshia) or 4-many (Cowania, Dryas). Fruit an achene or achenetum. Base chromosome number x=9. Características distintivas no moleculares: Arbustillos, arbustos, o arbolillos. Fijación de nitrógeno simbiótica presente. Glucósidos cianogenéticos presentes. Sorbitol presente en cantidades traza. Hojas compuestas en Chamaebatia, simples en los demás géneros. Estípulas presentes. Hipanto libre del ovario. Pistilos 1 (Cercocarpus, Chamaebatia, Purshia) o 4-muchos (Cowania, Dryas). Fruto aquenio o aquenetum. Número de cromosomas básico x=9.


Potter et al. 2007[379]

La diferencia entre ambos Códigos está en el tipo, que se traspasa de forma inalterable de taxón a taxón.